Киријак - пре 343. године
Гаудентије - око 343. године
Бонос -од 344. до 409. године
Маркијан - од 409. до после 414. године
Гајан - око 516. године
Пројект - око 554. године
Дионисије - око 1203. године
Кирил - око 1204. године
Никодим - око 1279. године
Mатеј - око 1528. године
Макарије (+ 6. октобра 1587. године)
Јевтимије - око 1592. године
Георгије - око 1597. године
Герасим - од 1645. до 1649. године
Гаврило - после 1649. године
Рувим - од 1680. до 1692. године
Јоаникијe - од 1709. до 1735. године
Пангелос - 1735. године
Георгије (Поповић) - од 1735. до 1737. године
Гаврило (Николић) – пре 1752. године
Калиник - око 1752. године
Никодим - 1753. године
Антанас - 1754. године
Гаврило (Николић) - други период, пре 1766. до после 1777. године
Макарије II, или Топал- Макарије - пре 1806. године
Макарије III - од 1806. до 1815. године
Мелетије – свештеномученик, од 1815. до 1821. године
Данило - после 1821. године
Венедикт I - после 1821. године
Јосиф - после 1826. године
Григорије - пре 1827. до 1842. године
Венедикт II - од 1842/3. до 1845. године
Никифор - од 1845. до 1847. године
Јоаникије II - од 1848. до 1858. године
Калиник II - изабран 1858., дошао у Ниш 1860., протеран из Ниша 1869. године
Виктор (Чолаковић) - од 1872. до 1883. године
Нестор (Поповић) - од 1883. до 1884. године
Димитрије (Павловић) - од 1884. до 1889. године
Јероним (Јовановић) - од 1889. до 1894. године
Инокентије (Павловић) - од 1894. до 1898. године
Никанор (Ружичић) - од 1898. до 1911. године
Доментијан (Поповић) - од 1911. до 1913. године
Доситеј (Васић) - од 1913. до 1933. године
Јован (Илић) - од 1933. до 1975. године
Иринеј (Гавриловић) - од 1975. до 2010. године
Јован (Пурић) - од 2011. до 2016. године
Арсеније (Главчић) – од 2017. године